ปัจจุบันพื้นที่ป่าพรุควนเคร็ง ซึ่งทั้งพื้นที่อยู่ในโครงการพัฒนาลุ่มน้ำปากพนัง อันเนื่องมาจากพระราชดําริ มีเนื้อที่รวมกันประมาณ 348,224 ไร่ ประกอบด้วย เขตห้ามล่าสัตว์ป่า 2 แห่ง คือ เขตห้ามล่าสัตว์ป่าทะเลน้อยและพื้นที่เตรียมการประกาศเขตห้ามล่าสัตว์ป่าบ่อล้อ และป่าสงวนแห่งชาติ 4 ป่า คือ ป่าสงวนแห่งชาติบ้านป่าในลุ่ม
ป่าสงวนแห่งชาติป่าคองค็อง ป่าสงวนแห่งชาติป่าท่าช้างข้าม และป่าสงวนแห่งชาติป่าดอนทรายและป่ากลอง ครอบคลุมพื้นที่ 3 จังหวัด กล่าวคือ จังหวัดสงขลา
จังหวัดพัทลุงและจังหวัดนครศรีธรรมราช พื้นที่ป่าพรุควนเคร็ง ได้รับผลกระทบจากระดับน้ําในพื้นที่ป่าพรุลดลงในช่วงฤดูแล้งทําให้เกิดความแห้งแล้ง
เกิดไฟไหม้ป้าพรุควนเคร็ง และจากการใช้ประโยชน์ในพื้นที่ เช่น การเข้าใช้ประโยชน์ของราษฎรในการหาปลา หาของป่า การเผาป่าเพื่อขยายพื้นที่การเกษตรของราษฎร การพัฒนาที่ขาดความเข้าใจในระบบนิเวศและสิ่งแวดล้อมของพื้นที่ เป็นต้น ซึ่งสร้างความเสียหายเสื่อมโทรมของระบบนิเวศและทรัพยากรธรรมชาติเป็นอย่างสูง