ลุ่มน้ำคลองบางไผ่อยู่ในแนวรอยต่อ 2 จังหวัด พื้นที่มีลักษณะสูงต่ำ คล้ายลูกระนาดบางส่วนเป็นภูเขาและเนินเขา มีที่ราบสูงบางตอนเป็นพื้นที่ป่า สภาพดินส่วนใหญ่เป็นดินปนทราย มีความอุดมสมบูรณ์ของดินต่ำ ระดับสูงสุดอยู่ที่ +150 ม.รทก. ลำน้ำคลองบางไผ่จากต้นน้ำผ่านอ่างเก็บน้ำคลองบางไผ่ถึงชายทะเลมีความยาวประมาณ 34.24 กิโลเมตร ลาดเทไปทางทิศใต้ พื้นที่ตอนบนลำน้ำจะไหลเข้าสู่อ่างคลองบางไผ่ ทางตอนล่างด้านทิศตะวันตกลำน้ำจะไหลเข้าสู่อ่างเก็บน้ำภูติอนันต์และไหลมาบรรจบกับลำน้ำคลองบางไผ่ก่อนลงสู่อ่าวไทยบริเวณฐานทัพเรือสัตหีบ มีแหล่งน้ำและอ่างเก็บน้ำที่สำคัญจำนวน 8 แห่ง ได้แก่ อ่างเก็บน้ำภูติอนันต์ อ่างเก็บน้ำห้วยตู้1 อ่างเก็บน้ำห้วยตู้2อ่างเก็บน้ำคลองบางไผ่ อ่างเก็บน้ำมาบฟักทอง 1 อ่างเก็บน้ำมาบฟักทอง 2 อ่างเก็บน้ำห้วยชากนอก อ่างเก็บน้ำมาบประชัน