พื้นที่ลุ่มน้ำสะแกกรังมีที่ราบลุ่มน้ำท่วมถึงขนาดใหญ่ตอนล่างของลุ่มน้ำต่อเนื่องกับพื้นที่ลุ่มน้ำเจ้าพระยาในเขตจังหวัดอุทัยธานี สภาพปัญหาน้ำท่วมที่เกิดขึ้นเป็นลักษณะน้ำท่วมลันตลิ่งและน้ำท่วมขังในบางพื้นที่ แต่มีไม่มาก พื้นที่น้ำท่วมส่วนใหญ่อยู่บริเวณริมน้ำแม่วงก์ คลองแห้ง คลองแม่เป็น แม่น้ำวังม้าเนื่องจากมีปริมาณน้ำมากกว่าความจุลำน้ำและมีสิ่งกีดขวางการระบายน้ำ หรือได้รับผลกระทบจากท้ายน้ำที่มีระดับสูงจนไม่สามารถระบายน้ำออกจากพื้นที่ได้ทันจนเกิดปัญหาน้ำท่วมขังในพื้นที่ โดยเฉพาะพื้นที่สะแกกรังตอนล่าง เป็นพื้นที่เสี่ยงภัยน้ำท่วม ครอบคลุมพื้นที่ 58 ตำบล 10 อำเภอ 2 จังหวัด คือ จังหวัดนครสวรรค์และอุทัยธานี มีพื้นที่เสี่ยงภัยน้ำท่วม 124,200 ไร่ มีปริมาณน้ำส่วนเกินที่ทำให้เกิดปัญหาน้ำท่วมขัง 120 ล้านลบ.ม. ความลึกน้ำท่วม 0.50 - 0.75 ม. ระยะเวลาน้ำท่วม 3 วัน มีจำนวนครัวเรือนได้รับผลกระทบ 56,700 ครัวเรือน

สภาพปัญหาด้านน้ำท่วมในพื้นที่ลุ่มน้ำสะแกกรัง เกิดจากปริมาณน้ำหลากจากพื้นที่ตอนบน (ลุ่มน้ำสาขาแม่วงก์) เมื่อเกิดปริมาณฝนตกหนักจะมีปริมาณน้ำป่าไหลหลากและมีปริมาณน้ำท่วมขังสร้างความเสียหายแก่พื้นที่เขตชุมชน ได้แก่ เทศบาลตำบล-ลาดยาว และเทศบาลตำบลศาลเจ้าไก่ต่อ จังหวัดนครสวรรค์มีสาเหตุหลักมาจากปริมาณน้ำหลากจากน้ำแม่วงก็เข้าท่วมพื้นที่เกษตรบริเวณทุ่งแม่น้ำน้อย ตำบลลาดยาวอำเภอลาดยาว ตำบลวังช่าน อำเภอแม่วงกั จังหวัดนครสวรรค์ รวมทั้งมีปริมาณน้ำท่วมในพื้นที่ตำบลหนองนมวัว ตำบลหนองยาว อำเภอลาดยาว จังหวัดนครสวรรค์โดยสาเหตุสำคัญจะมีแนวถนนกีดขวางทางน้ำและเกิดปริมาณน้ำหลากจากน้ำแม่วงก์ และปัญหาน้ำท่วมซ้ำชากในพื้นที่ตำบลทุ่งใหญ่และตำบลหนองไผ่แบน อำเภอเมือง จังหวัดอุทัยธานี