พื้นที่จังหวัดเพชรบุรีเกิดสภาวะน้ำท่วมที่รุนแรงมากและเกิดผลกระทบในบริเวณกว้างบ่อยครั้ง ซึ่งมีพื้นที่เสียหายมากกว่า 200,000 ไร่ เป็นพื้นที่การเกษตรในเขตโครงการส่งน้ำและบำรุงรักษาเพชรบุรีและพื้นที่ต่อเนื่อง พื้นที่ชุมชน และหน่วยงานราชการต่างๆ รวมถึงพื้นที่จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ซึ่งประสบภัยน้ำท่วมอยู่เป็นประจำทำให้มีพื้นที่เสียหายมากกว่า 100,000 ไร่ ลักษณะการเกิดน้ำท่วมมี 2 ลักษณะ

1) การเกิดน้ำท่วมในลักษณะน้ำป่าไหลหลาก หรือน้ำท่วมฉับพลัน จากกระแสน้ำไหลแรงในแม่น้ำเพชรบุรีเข้าทำความเสียหายให้แก่ชีวิตและทรัพย์สินบริเวณริมฝั่งน้ำทั้งสองฝั่งตลอดจนอาคารชลประทาน ได้รับความเสียหายค่อนข้างรุนแรง สภาพน้ำท่วมประมาณ 2-3 วัน ซึ่งส่วนใหญ่จะเกิดในพื้นที่ตอนบนของลุ่มน้ำ ได้แก่ อ.หนองหญ้าปล้อง อ.แก่งกระจาน อ.ท่ายาง อ.บ้านลาด อ.ชะอำ อ.เขาย้อย และบริเวณอำเภอบางสะพาน สาเหตุเกิดจากฝนตกหนักและน้ำป่าไหลหลากจากต้นน้ำลงมามากจนลำน้ำสายหลักไม่สามารถระบายน้ำได้ทัน ประกอบกับการกีดขวางทางน้ำของถนนเพชรเกษม และทางรถไฟสายใต้ และมีอาคารระบายน้ำไม่เพียงพอ

2) การเกิดน้ำท่วมในลักษณะน้ำท่วมขังในพื้นที่เป็นเวลาหลายวันไม่สามารถระบายน้ำออกได้ทัน มักเกิดขึ้นในพื้นที่ ที่มีความลาดชันน้อย และได้รับอิทธิพลจากน้ำทะเลหนุน การระบายน้ำจึงเป็นไปอย่างช้าๆ ทำให้พืชผลการเกษตรเสียหาย ส่วนใหญ่เกิดบริเวณพื้นที่ตอนล่างของลุ่มน้ำ ได้แก่ อ.เมืองเพชรบุรี อ.บ้านแหลม และ บางส่วนของ อ.เขาย้อย อันเป็นพื้นที่ที่มีความสำคัญทางเศรษฐกิจของจังหวัด และเป็นเส้นทางคมนาคมที่สำคัญสู่ภาคใต้ของประเทศ รวมถึงบริเวณพื้นที่ราบลุ่ม มีแม่น้ำสายหลักขนาดเล็ก คดเคี้ยวและตื้นเขิน ทำให้ความสามารถระบายน้ำไม่เพียงพอ ไม่สามารถระบายน้ำได้อย่างมีประสิทธิภาพ ประกอบกับลำน้ำถูกบุกรุกหรือมีสิ่งกีดขวางทางน้ำ เช่น ถนนเพชรเกษม และทางรถไฟสายใต้ นอกจากนี้ ปากน้ำยังได้รับอิทธิพลจากระดับน้ำทะเลทำให้การระบายน้ำออกสู่ทะเลลำบากมากขึ้น หากมีน้ำทะเลหนุนสูง การระบายน้ำมีเวลาจำกัดเนื่องจากเกิดน้ำขึ้น-ลง 2 ครั้งใน 1 วัน