ปัญหาการขาดแคลนน้ำในลุ่มน้ำ ส่วนใหญ่เกิดบริเวณนอกเขตพื้นที่ชลประทาน โดยเฉพาะในพื้นที่เกษตรน้ำฝนซึ่งสรุปสาระสำคัญได้ดังนี้

1 ปริมาณน้ำฝนและน้ำท่าในฤดูแล้งมีปริมาณน้อย ศักยภาพในการพัฒนาแหล่งเก็บกักน้ำมีจำกัด ไม่มีศักยภาพในการพัฒนาแหล่งเก็บกักน้ำขนาดกลางและขนาดใหญ่เพิ่มเติม จึงมีข้อจำกัดในการพัฒนาพื้นที่ชลประทาน

2) แหล่งเก็บกักน้ำขนาดเล็ก มีขนาดไม่เพียงพอ ขาดระบบการเติมน้ำจากแหล่งเก็บกักน้ำขนาดกลาง ทำให้เกิดการขาดแคลนน้ำในฤดูแล้ง ควรทำการเชื่อมโยงแหล่งน้ำตามความเหมาะสมของพื้นที่

3) พื้นที่นอกเขตชลประทานต้องอาศัยน้ำฝนเป็นหลัก ทำให้เกิดการขาดแคลนน้ำในฤดูแล้ง

4) ปัญหาด้านการบริหารจัดการระบบประปาหมู่บ้าน หรือบ่อน้ำบาดาลสาธารณะ และอ่างเก็บน้ำขนาดเล็กที่รวมถึงระบบสูบน้ำเพื่อชลประทานที่หน่วยงานที่เกี่ยวข้องก่อสร้าง แล้วถ่ายโอนให้กับองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นดูแล มีปัญหาขาดบุคลากรที่ มีความรู้ และขาดงบประมาณในการดูแลบำรุงรักษา ทำให้ระบบทำงานได้ไม่เต็มประสิทธิภาพ

5) ความต้องการใช้น้ำมีมากขึ้น ทำให้ปริมาณน้ำที่เก็บกักได้และความต้องการในการใช้น้ำไม่สมดุลกัน